1. 도말된 슬라이드위에 석탄산후크신액 (Carbol fuchsin)을 부어 씌우고, 알코올램프 화염으로 가열한다. 슬라이드 모든 곳에서 증기가 올라오도록 충분히 가열해야 하는데 염색액이 끓는것은 피해야 한다. 다음 슬라이드는 더 이상 가열하지 말고 15분간 공기중에 놓아둔다.

2. 염색액을 버리고 슬라이드를 흐르는 물에 씻는다.

3. 슬라이드에 산.알코올 혼합액을 붓고 5초간 두었다가 흐르는 물에 씻는다. 산알코올 혼합액은 70% 알코올에 1%염산으로 구성되어 있다. 만일 슬라이드가 진한 핑크색을 보이면 다시 산.알코올액에 2초간 처리하고 흐르는 물에 씻는다.

4. 대비염색으로 1%메틸렌블루액을 슬라이드에 부어 1분간 염색한다.

5. 슬라이드를 흐르는 물에 씻은다음 공기중에 건조시킨다.

여기에서 알아두어야 할 것은 나균은 다른 미코박테리움이 보여주는 것과 같이 균이 죽어도 석탄산후크신의 빨간 염색성이 남아 있다. 따라서 세균기사가 환자치료중에 피부도말검사를 실시할 때 살아있는 균과 죽은 균을 감별하지 못한다면 환자가 호전되고 있지 않은것 같은 인상을 가지게 될 것이다. 살아있는 균은 균일하게 염색된 간균으로 나타나며 (고체염색), 죽은 균은 불규칙하게 염색되거나(단편상균) 또는 과립상으로(과립상균)나타난다.

[칠-닐센법으로 염색된 나균의 여러가지 형태]

피부도말에서 균의 수를 세균지수(BI)라 하며, 살아있는 균과 죽은 균이 같이 포함되고 있다. 세균지수의 기록방법으로 리들리(Ridley)의 대수법이 널리 사용되고 있는데 이것은 유침대물렌즈를 사용하여 평균 현미경 1시야에서 관찰되는 균수에 기초를 두고 있다.

보통 몸의 6개부위(양쪽 귓볼포함)에서 피부도말을 실시하고 평균지수를 계산한다. 치료를 받고있는 나종나 환자에서는 죽은균과 살아있는 균이 같이 세어지기 때문에 처음 12개월간은 세균지수가 하강되지 않으며, 그 후부터 5 ~ 10년에 걸쳐서 점차 하강하게 된다.

형태지수(MI)는 살아있는 균의 백분율(%)이며, 한개씩 놓여있는 나균을 200개 검사하고 계산한다. 형태지수는 환자의 본병이 활동성인지 비활동성인지를 알려주며 치료효과에 대한 정보를 제공하고 또 화학요법에 대한 균내성 또는 치료태만에 대한 암시를 조기에 제공해준다. 즉, 형태지수의 증가는 환자 상태가 악화되고 있는것을 가리키며, 감소는 호전되고 있는것을 가르킨다. 일반적으로 나종나(L) 환자는 치료전의 형태지수가 10 ~ 20%인데 복합나화학요법(MDT)를 가하면 수주 또는 수개월내에 0%로 된다.